FlexS

Leírás

A FlexS előrejelzi az egyik ligandum konformációját és orientációját a másikhoz képest. A FlexS-ben a referencia-ligandumot merevnek feltételezzük, ezért a kötött állapothoz hasonló konformációban kell megadni. A FlexS szuperpozíciós algoritmusa csak kis kézi beavatkozást igényel. Ezt a tudást integrálhatja a számításokba a FlexS segítségével, ha egyetlen lépést manuálisan hajt végre. Így a FlexS-t ligandumpárokon végzett interaktív munkára, valamint ligandum alapú virtuális szűrésre tervezték. A FlexS két fő alkalmazása a ligand szuperpozicionálás (pl. CoMFA/QSAR) és a virtuális szűrés. Ha van egy fehérje és egy kis molekula kötődik hozzá (úgynevezett referencia-ligandum), de a fehérje szerkezete nincs, akkor a referenciaszerkezetet az aktív hely negatív ujjlenyomatának tekintheti. A FlexS a teszt és a referenciastruktúra közötti hasonlóságot úgy határozza meg, hogy igazítja őket. A virtuális szűrés során Önnek van egy referencia-liganduma és egy vegyületkészlete, és Önt érdekli a vegyületek prioritása a kísérleti teszteléshez.